Nel caso di carie profonde vi può essere un interessamento della polpa dentale, contenente anche le fibre nervose (la polpa dentale è comunemente indicata con il termine nervo del dente); in questo caso prima di procedere con un intervento conservativo, si esegue una terapia canalare, anche detta trattamento endodontico o devitalizzazione. Tale trattamento può anche essere necessario in caso di frattura dentale, traumi violenti o rifacimento di vecchie terapie eseguite con modalità o sostanze inidonee andate incontro a recidiva: si parla, in questo caso, di ritrattamento.
L'infiammazione, acuta o cronica che sia, si può propagare, attraverso la polpa dentaria, anche al di fuori della radice dentaria per poi diffondersi all'osso alveolare circostante; la diffusione dell'infiammazione porta alla formazione di lesioni definite ascesso o granuloma. In questi casi la terapia endodontica è più complessa, e ci si avvale della terapia farmacologia con antibiotici.